Fue fundada el 17 de mayo de 1742 por el gobernador José Antonio Manso de Velasco, en las 707 hectáreas de terreno que donaron el capitán Juan José Jiménez y María de Morales, para ser cabecera del corregimiento de Colchagua.
La parroquia católica de San Fernando se erigió en 1744. Recibió el título de ciudad por ley de 1830.
Tras la creación de la provincia de Colchagua en 1826, fue designada su capital desde 1840. Entre 1826 y 1976 fue además capital del departamento de San Fernando.
La administración local estuvo a cargo primero del cabildo, la municipalidad de la delegación, la municipalidad departamental, hasta la instalación de la municipalidad comunal en mayo de 1894. La comuna de San Fernando se creó por decreto del 22 de diciembre de 1891.
En 1976, con el establecimiento de la nueva provincia de Colchagua en el contexto de la «regionalización», fue nombrada como su capital.
